Лаборатория геномики орфанных болезней НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ

Руководитель лаборатории

Скрябин Николай Алексеевич

Кандидат медицинских наук

center@tnimc.ru +7 (3822) 55-55-01

Сотрудники

Жигалина Дарья Ивановна

Кандидат биологических наук, научный сотрудник

Жалсанова Ирина Жаргаловна

Младший научный сотрудник

Савченко Рената Ренатовна

Младший научный сотрудник

Постригань Анна Евгеньевна

Младший научный сотрудник

Фонова Елизавета Алексеевна

Младший научный сотрудник

Валиахметов Наиль Раушанович

Младший научный сотрудник

Киреева Татьяна Николаевна

Кандидат биологический наук, научный сотрудник

Государкина Софья Николаевна

Лаборант-исследователь

Ободзинская Софья Георгиевна

Лаборант-исследователь

Научное направление

Этиология и патогенез орфанных наследственных болезней человека

Результаты

В лаборатории разработаны методы диагностики несовершенного остеогенеза и болезни Вильсона-Коновалова с использованием массового параллельного секвенирования. Сотрудники лаборатории принимают активное участие в деятельности Медико-генетического центра НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ, в частности в молекулярно-генетической диагностике пациентов с орфанными заболеваниями.
Для изучения патогенеза орфанных болезней, в лаборатории проводятся работы по созданию in vitro модельных систем. С целью изучения роли генов-модификаторов болезни Вильсона-Коновалова создана модельная система иммортализованных гепатоцитов с нокаутом генов ATP7B и XIAP с помощью технологии CRISPR/Cas9. С использованием данной линии проводятся исследования патогенетических путей, участвующих развитии заболевания. Кроме того, для моделирования муковисцидоза и болезни Вильсона-Коновалова используется технология индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека.

Публикации

Сивцев А. А., Жалсанова И. Ж., Постригань А. Е., Фонова Е. А., Васильева О. Ю., Зарубин А. А., Минайчева Л.И., Агафонова А.А., Петрова В.В., Равжаева Е.Г., Салюкова О.А., Скрябин Н. А. Анализ спектра мутаций в гене ATP7B с использованием массового параллельного секвенирования у пациентов с болезнью Вильсона-Коновалова // Клиническая лабораторная диагностика. – 2022. –Т. 4. –№.67. – С. 250-256. doi: 10.51620/0869-2084-2022-67-4-250-256
Zhigalina D.I., Malakhova A.A., Vasilyeva O.Yu., Grigor'eva E.V., Sivtcev A.A., Kolesnikov N.A., Lopatkina M.E., Savchenko R.R., Zhalsanova I.Zh., Postrigan’ A.E., Zarubin A.A, Nikitina T.V., Bueverov A.O., Bogomolov P.O., Zakian S.M., Skryabin N.A. Generation of an induced pluripotent stem cell line ICGi030-A from a male patient with Wilson's disease carrying a frameshift mutation p.Lys1013fs and missense mutation p.H1069Q in the ATP7B gene // Stem Cell Research. –2021. – V. 57. – P. 102556. doi: 10.1016/j.scr.2021.102556
Жалсанова И.Ж., Фонова Е.А., Сивцев А.А., Постригань А.Е., Саковская Т.А., Зарубин А.А., Минайчева Л.И., Агафонова А.А., Петрова В.В., Равжаева Е.Г., Филимонова М.Н., Назаренко Л.П., Сеитова Г.Н., Скрябин Н.А., Васильева О.Ю., Салюкова О.А. Комплексный подход в диагностике болезни Вильсона-Коновалова в Сибирском регионе. Медицинская генетика. – 2021. –Т. 20. –№ 10 (231). –С. 53-56. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2021.10.53-56
Постригань А.Е., Жалсанова И.Ж., Фонова Е.А., Скрябин Н.А. Гены-модификаторы как причина клинического полиморфизма болезни Вильсона–Коновалова // Генетика. – 2021. – Т. 57. – №. 5. – С. 516-527. doi: 10.31857/S001667582105009X
Скрябин Н.А., Васильева О.Ю., Сивцев А.А., Жалсанова И.Ж., Постригань А.Е., Минайчева Л.И., Агафонова А.А., Петрова В.В., Назаренко Л.П., Сеитова Г.Н., Беляева Е.О., Филимонова М.Н., Степанов В.А. Анализ спектра мутаций в генах COL1A1 и COL1A2 с использованием массового параллельного секвенирования у больных несовершенным остеогенезом в Томской области. Медицинская генетика. – 2020. – Т. 19.– № 1 (210). – С. 38-45. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2020.01.38-45
Скрябин Н.А., Васильева О.Ю., Сивцев А.А., Постригань А.Е., Зарубин А.А., Васильев С.А., Назаренко Л.П. Идентификация мутаций во всех экзонах генов COL1A1 и COL1A2 при несовершенном остеогенезе с помощью секвенирования нового поколения // Методические рекомендации по медицинским технологиям диагностики хромосомных и наследственных орфанных заболеваний человека – 2020. – С. 93-106.
Сивцев А.А., Свинцова Л.И., Плотникова И.В., Жалсанова И.Ж., Постригань А.Е., Минайчева Л.И., Джаффарова О.Ю., Скрябин Н.А. Анализ спектра мутаций в генах KCNQ1, KCNH2 и SCN5A у больных с синдромом удлиненного интервала QT с использованием массового параллельного секвенирования // Медицинская генетика. – 2020. –Т. 19. – №. 5. – С. 20-22. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2020.05.20-22
Скрябин Н.А., Васильева О.Ю., Сивцев А.А., Жалсанова И.Ж., Постригань А.Е., Минайчева Л.И., Агафонова А.А., Петрова В.В., Сивоха В.М., Филимонова М.Н., Сеитова Г.Н., Назаренко Л.П. Исследование гена ATP7B с помощью массового параллельного секвенирования у пациентов с болезнью Вильсона-Коновалова // Медицинская генетика. – 2020. – Т. 19. – №. 7. – С. 97-98. https://doi.org/10.25557/2073-7998.2020.07.97-98

Гранты

Грант РНФ №20-74-00064 «Реконструкция мутационных процессов у эмбрионов человека на преимплантационном этапе развития на основе цифрового кариотипирования единичных клеток бластоцист», руководитель: н.с., к.б.н. Жигалина Д.И. Срок выполнения: 2020-2022 гг.

Основные результаты: в рамках проекта проведен транскриптомный анализ единичных клеток бластоцист человека и молекулярно-цитогенетический анализ внеклеточной ДНК во внутриполостной жидкости бластоцисты. Проведен анализ дифференциально-экспрессирующихся генов между тканями эмбрионов и в зависимости от дня развития. Проведена реконструкция молекулярных кариотипов клеток бластоцист на основе данных транскриптомного анализа. Полученные результаты свидетельствуют в пользу наличия механизмов коррекции эмбрионального кариотипа в процессе преимплантационного развития.
Грант Президента РФ № МК-6225.2021.1.4 «Роль генов ATOX1 и XIAP в патогенезе болезни Вильсона-Коновалова». Руководитель: н.с., к.б.н. Жигалина Д.И. Срок выполнения: 2021-2022 гг.

В результате проведенной работы по редактированию генома клеточной линии HepG2 с помощью системы CRISPR/Cas было получено 6 плазмидных векторов, несущих направляющие РНК для создания клеточных линий с нокаутом генов ATP7B и XIAP. Таким образом, на первом этапе работы по проекту был получен клон с одновременным нокаутом генов ATP7B и XIAP, который будет выступать в качестве модельной системы для изучения роли предполагаемого гена-модификатора XIAP в патогенезе болезни Вильсона-Коновалова.