Лаборатория биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ

1. Клеточная пластичность как общая молекулярная программа эмбрио- и онкогенеза
2. Генетические факторы риска метастазирования и рецидивирования немелкоклеточного рака лёгкого
3. Этиология и патогенез рака полости рта у пациентов молодого возраста
4. Функциональный портрет иммунных клеток как фактор эффективности химиотерапии рака молочной железы
5. Персонализированные мРНК-вакцины против немелкоклеточного рака лёгкого
6. Мультигенные панели для молекулярной диагностики в онкологии

1. Идентифицированы полиморфные варианты соматические мутации, ассоциированные с рецидивированием и гематогенным метастазированием немелкоклеточного рака лёгкого.
2. Идентифицированы транскрипты и особенности микроокружения, характерные для инвазивных и метастатических клеток рака молочной железы.
3. Выявлены и функционально охарактеризованы генетические нарушения, характерные для агрессивного варианта рака молочной железы, характеризующегося наличием в инвазивном компоненте дискретных групп опухолевых клеток.

1. Kolegova E.S., Patysheva M.R., Larionova I.V., Fedorova I.K., Kulbakin D.E., Choinzonov E.L., Denisov E.V. Early-onset oral cancer as a clinical entity: aetiology and pathogenesis. International Journal of Oral and Maxillofacial Surgery 2022; S0901-5027(22)00141-2. doi: 10.1016/j.ijom.2022.04.005. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0901-5027(22)00141-2
2. Schegoleva A.A., Khozyainova A.A., Gerashchenko T.S., Zhuikova L.D., Denisov E.V. Metastasis prevention: targeting causes and roots. Clinical Experimental Metastasis 2022; 39(4):505-519. doi: 10.1007/s10585-022-10162-x. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://link.springer.com/article/10.1007/s10585-022-10162-x  
3. Tretyakova M.S, Subbalakshmi AR, Menyailo ME, Jolly MK, Denisov EV. Tumor Hybrid Cells: Nature and Biological Significance. Front Cell Dev Biol. 2022;10:814714. doi: 10.3389/fcell.2022.814714. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2022.814714/full    
4. Larionova I., Rakina M., Ivanyuk E., Trushchuk Y., Chernyshova A., Denisov E. Radiotherapy resistance: identifying universal biomarkers for various human cancers. Journal of Cancer Research and Clinical Oncology 2022;148:1015-1031. doi: 10.1007/s00432-022-03923-4. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://link.springer.com/article/10.1007/s00432-022-03923-4
5. Tashireva L.A., Pankova O.V., Rodionov E.O., Miller S.V., Tuzikov S.A., Pismenny D.S., Gerashchenko T.S., Zavyalova M.V., Vtorushin S.V., Denisov E.V., Perelmuter V.M. Premalignant changes in the bronchial epithelium are prognostic factors of distant metastasis in NSCLC patients. Front. Oncol. 11:771802. doi: 10.3389/fonc.2021.771802. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fonc.2021.771802/full
6. Novikov, N.M., Zolotaryova, S.Y., Gautreau, A.M., Denisov E.V. Mutational drivers of cancer cell migration and invasion. British Journal of Cancer 2021;124:102-114. doi: 10.1038/s41416-020-01149-0. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33204027/
7. ashireva L.A., Savelieva O.E., Grigoryeva E.S., Nikitin Y.V., Denisov E.V., Vtorushin S.V., Zavyalova M.V., Cherdyntseva N.V., Perelmuter V.M. Heterogeneous Manifestations of Epithelial-Mesenchymal Plasticity of Circulating Tumor Cells in Breast Cancer Patients. Int J Mol Sci 2021;2;22(5):2504. doi: 10.3390/ijms22052504. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7958863/
8. Menyailo M.E., Bokova U.A., Ivanyuk E.E., Khozyainova A.A., Denisov E.V. Metastasis Prevention: Focus on Metastatic Circulating Tumor Cells. Molecular Diagnosis and Therapy, 2021; 25(5): 549-562. doi: 10.1007/s40291-021-00543-5. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://link.springer.com/article/10.1007/s40291-021-00543-5
9. Schegoleva A.A., Khozyainova A.A., Fedorov A.A., Gerashchenko T.S., Rodionov E.O., Topolnitsky E.B., Shefer N.A., Pankova O.V., Durova A.A., Zavyalova M.V., Perelmuter V.M., Denisov E.V. Prognosis of Different Types of Non-Small Cell Lung Cancer Progression: Current State and Perspectives. Cell Physiol Biochem 2021;55(S2):29-48. doi: 10.33594/000000340. РИНЦ, Scopus. https://www.cellphysiolbiochem.com/Articles/000340/
10. Gerashchenko T.S., Zolotaryova S.Y., Kiselev A.M., Tashireva L.A., Novikov N.M., Krakhmal N.V., Cherdyntseva N.V., Zavyalova M.V., Perelmuter V.M., Denisov E.V. The Activity of KIF14, Mieap, and EZR in a New Type of the Invasive Component, Torpedo-Like Structures, Predetermines the Metastatic Potential of Breast Cancer. Cancers 2020;12:1909. doi: 10.3390/cancers12071909. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7409151/
11. Menyailo M.E., Tretyakova M.S., Denisov, E.V. Heterogeneity of Circulating Tumor Cells in Breast Cancer: Identifying Metastatic Seeds. International Journal of Molecular Sciences 2020;21:1696. doi: 10.3390/ijms21051696.  РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7084665/
12. Tashireva L.A., Zavyalova M.V., Savelieva O.E., Gerashchenko T.S., Kaigorodova E.V., Denisov E.V., Perelmuter V.M. Single tumor cells with epithelial-like morphology are associated with breast cancer metastasis. Frontiers in Oncology 2020, doi: 10.3389/fonc.2020.00050. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fonc.2020.00050/full
13. Pankova O.V., Rodionov E.O., Miller S.V., Tuzikov S.A., Tashireva L.A., Gerashchenko T.S., Denisov E.V., Perelmuter V.M. Neoadjuvant chemotherapy combined with intraoperative radiotherapy is effective to prevent recurrence in high-risk non-small cell lung cancer (NSCLC) patients. Translational Lung Cancer Research 2020;9(4):988-999. doi: 10.21037/tlcr-19-719. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7481627/
14. Denisov E.V., Schegoleva A.A., Gerashchenko T.S., Skryabin N.A., Sleptcov A.A., Yakushina V.D., Lyapunova L.S., Tuzikov S.A., Pankova O.V., Perelmuter V.M. Gene expression profiling revealed 2 types of bronchial basal cell hyperplasia and squamous metaplasia with different progression potentials. AIMM 2020; 28(6):477-483. doi: 10.1097/PAI.0000000000000762. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://journals.lww.com/appliedimmunohist/Abstract/2020/07000/Gene_Expression_Profiling_Revealed_2_Types_of.11.aspx 
15. Denisov E.V., Schegoleva A.A., Gervas P.A., Ponomaryova A.A., Tashireva L.A., Boyarko V.V., Bukreeva E.B., Pankova O.V., Perelmuter V.M. Premalignant lesions of squamous cell carcinoma of the lung: The molecular make-up and factors affecting their progression. Lung Cancer 2019;135:21-28. doi: 10.1016/j.lungcan.2019.07.001. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0169-5002(19)30524-0
16. Gerashchenko T.S, Novikov N.M, Krakhmal N.V, Zolotaryova S.Y, Zavyalova M.V, Cherdyntseva N.V, Denisov E.V, Perelmuter V.M.  Markers of Cancer Cell Invasion: Are They Good Enough? J Clin Med 2019;8(8). pii: E1092. doi: 10.3390/jcm8081092. РИНЦ, Scopus, Web of Science. https://www.mdpi.com/2077-0383/8/8/1092

1. Молекулярные маркеры прогрессии/ингибирования морфологических изменений бронхиального эпителия для прогнозирования течения предопухолевого процесса и вероятности развития плоскоклеточного рака легкого (№ 17-29-06002; 2018-2020; РФФИ).
   
   Идентифицированы участки ДНК и находящиеся в них гены, уровень метилирования которых в значительной степени меняется в процессе предопухолевых изменений эпителия бронхов и развития плоскоклеточного рака легкого. Выделены гены ДНК-маркеры, характерные для дисплазии респираторного эпителия и плоскоклеточного рака легкого. Показано наличие данных маркеров в составе циркулирующей ДНК у больных хронической обструктивной болезнью легких.
   
   
2.  Генетические нарушения, вовлеченные в опухолевую инвазию, и их роль в развитии рака молочной железы (№18-515-16002; 2018-2022; РФФИ).
   
   Для опухолей молочной железы с коллективной и индивидуальной инвазией характерен специфический набор генетических нарушений, ассоциированных с регуляцией и реализацией клеточной миграции. Мутации в генах-регуляторах клеточной миграции также преимущественно встречаются в метастазах из невыявленного опухолевого очага (опухоли невыявленной первичной локализации).
3. Генетические детерминанты риска метастазирования немелкоклеточного рака легкого (№ 20-75-10060; 2020-2023; РНФ).
   
   Выявлены однонуклеотидные варианты и вариации числа копий ДНК, чаще встречающиеся у пациентов с изолированной базальноклеточной гиперплазией и, соответственно, с высоким риском метастазирования немелкоклеточного рака легкого. Составлена панель герминальных генетических вариантов, ассоциированных с риском гематогенного метастазирования немелкоклеточного рака легкого. Установлено, что для больных немелкоклеточным рака легкого с высоким риском метастазирования характерен более выраженный мутаторный фенотип опухоли и высокая частота мутаций в генах регуляторах клеточной адгезии и актинового цитоскелета.
   
   
4. Новая технология прогнозирования и профилактики отдаленного метастазирования на основе детекции циркулирующих метастаз-инициирующих и нишеобразующих клеток и их специфических мишеней (№ 19-75-30016; 2019-2022; РНФ).
   
   Определен пролиферативный и туморогенный потенциал метастаз-инициирующих и нишеобразующих клеток рака молочной железы на основании тестирования на формирование колоний и маммосфер in vitro и оценки скорости роста и размеров первичной опухоли в гетеротипической модели in vivo. Определена миграционная и инвазивная способность метастаз-инициирующих и нишеобразующих клеток рака молочной железы in vitro. Описаны генетические и транскрипционные нарушения, представленные в метастаз-инициирующих и нишеобразующих клетках рака молочной железы.
   
   
5. Функциональный портрет иммунных клеток как фактор эффективности химиотерапии рака молочной железы (№ 22-75-10128; 2022-2025; РНФ).
6. Опухолевые гибридные клетки при немелкоклеточном раке легкого: фенотипический состав и прогностическая значимость (№ 22-75-00120; 2022-2024; РНФ).
7. Молекулярный ландшафт рака полости рта у пациентов молодого возраста (№ 22-15-00308; 2022-2024; РНФ).

Институт Химической Биологии и Фундаментальной Медицины СО РАН  (Новосибирск), НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева (Москва), НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина (Москва), ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России (Москва), ФГБУ «Главный военный клинический госпиталь имени академика Н.Н. Бурденко» МО РФ (Москва), ГБУЗ Московский Клинический Научный Центр имени А. С. Логинова (Москва), Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова (Москва) .